Le nom de Puyoo vient de puèii, "puy", signifiant éminence, hauteur. Ce mot proviendrait d'une légende indiquant que les habitants autrefois installés sur la plaine du Gave furent repoussés sur les coteaux par les Romains.
Les vestiges protohistoriques sont nombreux sur la commune : oppidum, castéra, motte... On peut observer la présence de vieilles murailles, peut-être gallo-romaines, pouvant indiquer qu'elles ont appartenu à une enceinte polygonale dont le revêtement grossier était formé de galets et cailloux pris dans du mortier. Les anciens du pays dénommaient cette construction "Lou Tare De Las Mourelles" (le terrier des mûres).
La légende évoque aussi la présence d'un chemin souterrain dénommé "Lo camin de las hadas" (le chemin des fées), qui partirait de la commune pour rejoindre la ville de Dax située à une distance de 29 kilomètres. D'autres vestiges ont pu être découverts comme un camp formant un cratère entouré d'un chemin de ronde, mais celui-ci fut détruit en 1964, l'endroit étant exploité comme gravière. Un autre fort en forme de cratère existait sur la droite du chemin du gave, une bombarde aurait été trouvée à sa démolition.