L'étymologie du nom "Lagor" signifierait "lande montagneuse,... rouge, sec, aride" .

Situé sur une voie gallo-romaine, Lagor est un village-rue posé en haut de crêtes présentant d'un côté la plaine de Lacq et la vallée du Gave de Pau, de l'autre la chaine des Pyrénées, sur une voie allant d'Orthez à Oloron. La position du village est donc idéalement défensive. On y trouve d'ailleurs des vestiges de camps, le site étant apprécié depuis la plus haute antiquité (découverte d'une hache en pierre polie datant de 5000 ans, ou encore d'un sarcophage paléo-chrétien en marbre du Vème siècle).
Terre dépendant directement du Vicomte de Béarn, de nombreuses guerres opposèrent en ces lieux béarnais et dacquois. Lagor et le village de Castétis ("dernier château") se situaient à la frontière entre les deux vicomtés. Ces luttes dureront jusqu'en 1194, date à laquelle les régions de Salies et d'Orthez seront annexées au Béarn.

On attribue soit à Gaston Febus, soit à son architecte, Sicard de Lordat, la devise du village  :

Enta Lago, Qué m'en pén lou co Qouan souy enla Qué m'en pén en ça ...

Ici c'est vers Lagor Que mon coeur penche Quand je suis loin Je penche vers ça

Une version allégée orne le blason :  Ta Lago qu'e m'y pen lou-co (Pour Lagor penche mon coeur)

Ce ne sera qu'en 1328 que le village de Lagor recevra "les fors de Morlaàs", droits et privilèges identiques aux villes importantes du Béarn et aussi 450 hectares de terres communales (soit près du cinquième de la surface de la commune).

Le village était nommé La Fontac au XIII° siècle, puis Lahuntan, la Hontan ...

Son nom signifie "fontaine". Il viendrait soit du béarnais "hont ou hount", soit du basque "laur" (qui signifie "quatre") et du latin fontana ("Cité des quatre fontaines").

Les Templiers seraient à l'origine d'un refuge placé sur le chemin de Saint Jacques de Compostelle ("abet"). Une source "miraculeuse" (la Fontaine de Dabet,ou d'Abet) transforma le village en lieu de pèlerinage dès le XIII^ème siècle. Un sanctuaire dédié à la Vierge y est très tôt implanté, attirant les catholiques landais, béarnais et basques.
L'Eglise Notre-Dame d'Abet est l'église primitive de Lahontan. Le village d'Abet aurait été détruit par un déplacement du gave les 200 habitants s'installant plus loin sur le site de Lahontan.

Ancienne seigneurie, elle appartient au XVIème siècle à Michel Eyquem de Montaigne, qui vente l'art de vivre du lieu dans ses Essais. En effet le village est célèbre pour la qualité de son jambon (les jambons qui dès le 17ème siècle alimentaient en grande partie le marché orthézien étaient célèbres, ainsi que les cuisses d’oies que l’abbé de Cagnotte envoyait à Colbert) et l'amour de ses habitants pour la bonne chère, avant l'intervention des médecins (voir les Essais de Montaigne). Ceux-ci leur firent remplacer l'ail, considéré alors comme le médicament inversel : contre la peste, le choléra, le typhus, les piqures d'insectes, en tant que vermifuge, anti-verrues, ... par des médecines qui bien que plus scientifiques les laissent "accablez d'une légion de maladies inaccoustumées".

Lahontan devint baronnie vers 1650. En 1662, Isaac de Lom D’Arce , en l’achetant, devient le deuxième baron de Lahontan. C’est ici que naquit, le 9 juin 1666, Louis Armand de Lom D’Arce , homme d’armes, ethnographe et philosophe avant la lettre.